A operação Caixa de Pandora, da Polícia Federal, estourou em 2009. A investigação, também chamada de Mensalão do DEM de Brasília, apurou crimes de corrupção e improbidade administrativa no Distrito Federal.

Uma das investigações da operação apontou um suposto esquema de desvio de dinheiro de contratos do governo local com empresas de informática, entre elas, a a Linknet Serviços de Informática.

Arruda e parte da equipe que integrava a antiga gestão dele foram condenados pela Justiça do Distrito Federal a pagar R$ 4 milhões de multa e a devolver R$ 11,85 milhões aos cofres públicos. Além disso, os condenados também tiveram seus direitos políticos suspensos por oito anos.

• suposta compra de apoio político de Jaqueline Roriz e Manoel Neto por Durval Barbosa;
• prejuízo aos cofres públicos, que teria se dado por meio de pagamentos de reconhecimentos de dívidas em favor da empresa Linknet, por serviços prestados ao Governo do Distrito Federal, sem cobertura contratual, entre os anos de 2007 e 2009;